No dia 28 de fevereiro de 1861, o Conselho Superior de Obras Públicas aprovou uma importante alteração ao projeto da Linha do Norte, entre o Entroncamento e Vila Nova de Gaia, com o objetivo de aproximar a linha ferroviária a várias localidades, incluindo Madalena.

A inauguração do apeadeiro ficou marcada por um curioso episódio que passou a fazer parte da história local. Durante a passagem do primeiro comboio, uma vaca foi mortalmente colhida em frente à comitiva que assistia ao evento. Reza a lenda que Moraes da Magdalena (como se escrevia na época), ilustre daquele lugar, se prontificou a pagar a compensação ao agricultor, proprietário da mesma, demonstrando uma grande solidariedade no momento.

Além do apeadeiro, existia um desvio ferroviário, conhecido como Desvio da Madalena, localizado a cerca de 660 metros a norte. Este desvio era utilizado para escoar a produção da pedreira local. No entanto, em 31 de dezembro de 2011, o desvio foi formalmente encerrado e removido, marcando o fim de uma era na movimentação de materiais pela linha férrea.